Sur le plan floristique, la richesse végétale connue s'élèvent à 686 spermaphytes et ptéridophytes (Plantes à fleurs et fougères), 62 bryophytes (Mousses) et 22 lichens. Les espèces des milieux tourbeux, bien représentées dans la liste, n'occupent qu'une portion très faible du territoire.
 

Globalement, le massif est assez mal connu (seulement 15% de connu). Néanmoins, les Monts de la Madeleine renferment 8 sites Natura 2000 dont 6 inscrits pour leurs habitats naturels désignés comme rares au niveau européen (Directive Habitats) et plus d'une vingtaine de ZNIEFF de type I concernant la flore du Massif. (voir carte sur les sites internet des DIREN Auvergne et Rhône alpes).

En l'état actuel des connaissances de la flore locale, les Monts de la Madeleine renferment plus d'une quarantaine d'espèces d'intérêt national, 7 espèces d'intérêt régional, 13 espèces d'intérêt départemental et une espèce d'intérêt européen. Parmi elles, plus d'une trentaine d'espèces sont protégées au niveau national ou régional ce qui montre l'intérêt de ce massif sur le plan floristique.

Il reste encore des choses à découvrir sur l'ensemble du massif, en dehors des sites proposés dans le cadre du réseau Natura 2000.